一九四一年一月初，德国装备有“福克－武尔夫·康多尔”扫校者註：其标准编号为fw-200c ，二战期间总共生产了276 架。式远程飞机的第四十轰炸机大队第一联队被指派与潜艇进行协同作战，这给潜艇战术的改进提供了新的机会。但现有的这种远程飞机太少，结果每天只能作一两次远达北海峡的侦察飞行。德国总要花相当长的时间，才能同时召唤到几艘潜艇去对付在那里发现的往外开的海上运输队。此外德国飞机导航不够准确也使潜艇的作战大受影响。与此同时，英国护航系统也已度过了力量最弱的阶段，因为德国入侵的威胁解除后，就可从英吉利海峡抽出护航舰只供其他地方的护航之用。而且由于从美国接收了五十艘旧驱逐舰，加之英国、加拿大建造的新式驱潜快艇开始服役，可供执行护航任务的舰艇数量已有增加。英国空军海岸防御司令部的巡逻活动也有显着增加，这就迫使德国潜艇逐渐远离沿岸海域。结果是，一九四一年二、三月份德国潜艇作战远不如一九四○年秋季那样顺利。很快就清楚的是，单个潜艇有效性的不断减弱，实际上并非由于特别漫长的冬季恶劣气候。德国在三个月没有损失一艘潜艇之后，到三月份突然损失了五艘，其中包括三位最出色的潜艇艇长这是u —47号潜艇（普里恩），1941年3 月8 日在攻击ob—293 号运输队时被“黑猫”号驱逐舰击沉；u —99号潜艇（克雷奇默尔）和u—100号潜艇（舍普克），1941年3 月17日在攻击hx一112 号运输队时被“范诺克”号和“瓦尔克”号两艘驱逐舰击沉。在大西洋之战第二阶段中，克雷奇默尔的潜艇击沉了三十七艘船只，共二十四万一千五百二十三登记总吨位。舍普克的潜艇击沉了二十八艘船只，共十四万一千零四十三登记总吨位。普里恩的潜艇击沉了二十二艘船只，共十三万四千九百五十登记总吨位。，这使得潜艇舰队司令明白，再在北海峡附近作战可能无利可图，因此潜艇被迫将其位置大大向西转移。


    至此从西洋之战的第二阶段就告一段落。正如下表所示，总起来看，不仅潜艇舰队作战非常成功，而且其他所有参战部队的作战也非常成功，其中包括各处的辅助巡洋舰、在北大西洋和中大西洋的战列舰和巡洋舰以及在英国以西向南至直布罗陀海域上空作战的远程飞机等。以上所有这些部队所取得的战果还须加上下列战果：德国空军和水面轻型舰队对不列颠群岛周围的英国船只的布雷和攻击（击沉了五十四万七千八百八十六登记总吨位的船只），以及义大利在地中海取得的战果（击沉了六万八千五百二十登记总吨位的船只）。


    大西洋之战第二阶段同盟国和中立国船只的损失（击沉的船只数和登记总吨位数）


    年月德国潜艇击沉的义大利潜艇击沉的辅助巡洋舰击沉的重型水面舰只击沉的远程轰炸机击沉的


    1940年7 月38－194,922


    1 －67,494


    8 月54－283,386 2－13,593 11－61,767


    2 －8,973


    9 月52－265,737 3－7,669 8－65,386


    10月61－344,513 4－15,591 4 －30,539


    2 －6,420


    11月34－173,995 1－4,866 9－71,923 8 －60,332 7 －34,806


    12月39－229,501 7－27,976 5 －25,904 3 －20,971 1 －4,360


    1941年1 月17－98,702 7 －41,150 20－78,484 3 －18,783 15－61,068


    2 月42－207,649 3－14,705 1 －7,031 16 －76,752 22－79,955


    3 月44－243,622 2－7,863 4－28,707 17－79,838 3 －12,307


    船只总数381 29 73 47 52


    登记总吨位总数2,042,027 133,413 440,235 256,496 207,889


    横越北大西洋的德国潜艇群的搜索作战


    在大西洋之战的第三阶段（一九四一年四月——十二月），德潜艇舰队愈来愈明显地成了该战役的主力。德国辅助巡洋舰此时开始第一次遭受损失，每个舰次在海上的战果开始下降。尤其是德国重型水面舰只对大西洋航线上的运输队的作战宣告结束，因为三月份“沙恩霍斯特”号和“格奈森诺”号战列巡洋舰，“希佩尔海军上将”号重巡洋舰和“舍尔海军上将”号袖珍战列舰返回基地，五月份“俾斯麦”号和“欧根亲王”号遭到失败，六月份英国海军搜索大队对庞大的德国补给舰和油船进行了扫荡毫无疑问出现的问题是，1941年5 月 9日英国在冰岛沿岸俘获德国u一110 号潜艇连同艇上的机密材料（电码本、密码本、作战命令等）而且还对这一战果加以保密，这对尔后的“俾斯麦”号战列舰的作战，尤其是对围剿德国的远洋补给组织到底产生了什么影响。。同时，德国远程飞机对英国商船的空袭也遭到了反击，因为英国商船能用弹射方式使用“飓风”式战斗机，增设了高炮，并且于九月份在直布罗陀航线上还出现了第一艘辅助航母“大胆”号。由于英国防御有了改善，因此轴心国在不列颠群岛周围的轻型水面舰只、飞机和布的水雷所击沉的船只数也就减少了（共击沉二十五万六千一百五十二登记总吨位的船只）。不过，少击沉的这部分船只数绰绰有余地为多击沉的那部分船只数所弥补。多击沉的那部分船只数是德国和义大利在地中海之战中，尤其是在巴尔干之战和克里特岛之战中击沉的（共击沉四十八万一千一百五十三登记总吨位的船只），而且日本在一九四一年十二月份的参战也使同盟国的舰船在远东遭受到惨重的损失（共击沉四十三万一千六百七十三登记总吨位的船只）。