12月21日，日军登陆部队为攻占马尼拉而在仁牙因湾登陆。当时，美潜艇因备品不足，没有一艘能够参加保卫仁牙因湾的战斗。日登陆部队在严密的警戒下，于仁牙因湾内巧妙地利用浅滩水域和暗礁等天然条件，阻止美潜艇对它进行袭扰。只有s-38号潜艇大胆地突破其警戒线，击沉1艘即将进入锚地的运输船。“海豹”号潜艇对一艘开往登陆地域的小型货船进行了鱼雷攻击。


    由于日军对马尼拉附近基地的威胁日益增大，盟国海军部队主动撤离。约翰·威尔克斯海军上校指挥的亚洲舰队潜艇部队，首先撤至达尔文港，后来又转移到弗里曼特尔在澳大利亚西南海岸。。只把“卡诺珀斯”号潜艇供应舰留在马尼拉湾，以保障潜艇继续作战。


    这支潜艇部队除继续进行巡逻外，还须担任撤退任务和补给任务。这就是说，潜艇必须协助有关单位把平民百姓和重要军事人员转移到其他地方，从被围困的巴丹半岛和哥黎希律岛撤出某些财物，以及为逐渐减少的守备部队运送粮食、医药和弹药等补给品。


    最先执行这项任务的是“海狼”号潜艇，它先送37吨弹药，后送25名陆海军飞行员、“卡诺珀斯”号潜艇供应舰上的一部分重要潜艇备品和16条鱼雷。“鳟鱼”号潜艇卸下运来的25吨补给品，而装上2吨金块、18吨银块和5吨邮件及有价证卷等物返航。该艇在返航途中还对敌货船和猎潜艇实施了鱼雷攻击。


    在爪哇海作战期间，潜艇虽未取得什么战果，但美军已着手建立潜艇巡逻区，并开始改进潜艇战术。初期，潜艇通常在潜望深度实施昼间攻击。为了不被对方发现，只伸出潜望镜作短暂的观测。採用这种攻击方法时，只使用噪音测向器材而不使用回音水声器材，以免暴露自己的位置。最初的潜望镜不能准确地测出目标距离，而声纳只能提供目标的方位。因此，潜艇艇长实施鱼雷攻击时往往忽视距离这个因素。不久，潜望镜上安装了测距装置。潜艇艇长还知道，偶然用一下声纳测定距离，还不至于暴露自己的位置。能够准确测定目标的距离后，美国潜艇就可以实施较有把握的鱼雷攻击了。这时，德国潜艇已经开始採用夜间水上攻击的战术，但是，美国海军仍把潜望镜深度的昼间攻击作为潜艇的基本战术。为使空中侦察难以发现，美国潜艇的艇壳上涂黑色迷彩，这对夜间在水面活动的潜艇起不到多少伪装作用。加之没有夜间使用的性能良好的潜望镜，天黑后，潜艇就难以在潜望深度实施攻击。后来的经验证明，艇体的两舷涂上灰色的亮漆，对夜间行动具有很好的伪装效果。有了性能良好并适于夜间使用的潜望镜，潜艇就容易在潜望深度实施夜间攻击了。可是，美国潜艇直到有了较准确的鱼雷射击自动计算器(tdc)，装备了性能良好的雷达，鱼雷的质量已有很大改进之后，才成为一种机动灵活的兵器，才不分昼夜地并且是很有信心地对日本舰船进行袭击。


    日本向南侵略的范围越大，它的船只遭到美潜艇袭击的机会就越多。尽管如此，从袭击珍珠港到珊瑚海海战之前，日军舰船受到的损失并不算大。在这期间，盟军潜艇击沉的日本舰船仅有水面舰只3艘没有大于驱逐舰的舰只。、潜艇2艘和商船35艘。但是在此之后，美国潜艇掌握了日本海上航运的规律，从而取得了很大战果。


    日军把潜艇用于支援舰队作战，这在中途岛海战中表现得最为典型。在这次海战中，日军派遣潜艇单独活动，或在规定水域列成艇幕，以侦察美国舰队的行动，并对其进行截击。当时，日军在珍珠港和中途岛之间配置了两个潜艇侦察艇幕，但日潜艇占领阵位的时间过迟，因而未能发现和截击美国的航空母舰编队。在这次海战中，唯有伊-168号潜艇取得了显着的战果，击沉了“约克城”号航空母舰和“哈曼”号驱逐舰。


    部署在中途岛以西近海水域的美国潜艇部队，也未取得什么战果。在双方航空母舰交战时，美“鹦鹉螺”号潜艇向“加贺”号航空母舰发射了一条鱼雷，但未爆炸，它还误认为击沉了“苍龙”号航空母舰。当天夜间，重巡洋舰“最上”号和“三隈”号为了规避“坦波尔”号潜艇而进行机动时相互碰撞。“三隈”号受伤后，航速减低，成为美航空母舰舰载机的突击目标。


    从6月的中途岛海战至8月7日开始的瓜达尔卡纳尔岛争夺战，美潜艇的主要战斗活动是袭击日本的运输船队，在此期间共击沉商船约60000吨。而日军这时则将其潜艇主要集中用于印度洋，甚至驶至马达加斯加和非洲之间的莫三比克海峡一带去袭击商船。此外，日军还派遣一部分潜艇在澳大利亚、纽几内亚和萨摩亚一带海域作战，共击沉盟国舰船约30艘。


    1942年8月初，美国最大的2艘潜艇“鹦鹉螺”号和“舡鱼”号(水上排水量2700吨，长113米以上)奉命去完成一项特殊的任务。这2艘潜艇在珍珠港搭载五个海军陆战连(由埃文斯·卡尔森中校指挥)，前去袭击吉尔伯特群岛的马金岛。当时，美军正在瓜达尔卡纳尔岛进行登陆作战，袭击马金岛是它的一种佯攻行动，企图把日军兵力从所罗门地区吸引过来。8月16日拂晓，美海军陆战队未遭到任何抵抗就登上了马金岛。上陆不久，日军的守岛部队立即徒步、骑自行车或乘坐卡车赶来进行阻击。根据上陆部队的召唤，“鹦鹉螺”号开始朝着交战的方向射击，但因没有弹着观测飞机，只能盲目射击。后来便转移火力，向礁湖一带水面射击，击沉3500吨的商船1艘和巡逻艇1艘。