戊戌，群臣奏胡惟庸等罪状，请诛之。于是赐惟庸、陈宁死，又言涂节本为惟庸谋主，见事不成，始上变告，不诛无以戒人臣之奸宄者，乃并诛节，余党皆连坐。惟庸，定远人。岁乙未，事上为元帅府奏差，转宣使。丁酉，授宁国县主簿，升知县。甲辰，迁吉安府通判。丙午，擢湖广按察佥事。吴元年，入为太常少卿，寻升为卿。洪武三年，拜中书省参政。四年，升右丞。六年，拜右丞相。陈宁，茶陵人，初名亮，通经，有治才。元末为镇江小吏，从军至金陵，馆于军帅家。上入金陵，命诸将各言事，军帅武人不能言，令宁代为书陈之。上览之甚喜，召见，擢江南行省掾史。己亥，升广德知府。辛丑，除枢密院都事。癸卯，改提刑按察司佥事。甲辰，升浙东按察使。己巳，擢中书参议。丙午，以事降太仓市舶令。洪武元年，入为司农卿，寻迁兵部尚书。二年，出为松江知府，寻升中书参政。三年，赐名宁，坐事知苏州府。尝督粮，欲事速，集令左右烧铁烙人肌肤，人甚苦之，呼为“陈烙铁”。改浙江参政，未行，惟庸荐为御史大夫，益尚严酷。上尝切责之，宁不改，其子孟麟亦数以谏，宁怒，杖之数百至死。上深恶其不情，尝曰：“宁于其子如此，奚有于君父耶？”宁闻之惧，遂与惟庸通谋。群臣又请诛善长、陆仲亨等，上曰：“朕初起兵时，善长来谒军门曰：‘有天有日矣。’是时，朕年二十七，善长年四十一，所言多合吾意，遂命掌薄书，贊计画，功成爵以上公，以女与其子。陆仲亨年十七，父母兄弟俱亡，恐为乱兵所掠，持一升麦藏于草间。朕见之，呼曰：‘来。’遂从朕，长育成，就以功封侯。此皆吾初起时腹心股肱，吾不忍罪之，其勿问。”封绩，河南人，故元臣来归，命之官，不受遣，还乡，又不去，谪戍于边，故惟庸等遗书遣之。
己亥，胡惟庸等既伏诛，上谕文武百官曰：“朕自临御以来，十有三年矣，中间图任大臣，期于辅弼，以臻至治，故立中书省以总天下之文治，都督府以统天下之兵政，御史台以振朝廷之纪纲。岂意奸臣窃持国柄，枉法诬贤，操不轨之心，肆奸欺之蔽，嘉言结于众舌，朋比逞于群邪，蠹害政治，谋危社稷，譬堤防之将决，烈火之将然，有滔天燎原之势。赖神发其奸，皆就殄灭，朕欲革去中书省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事，更置五军都督府，以分领军卫。如此，则权不专于一司，事不留于壅蔽，卿等以为何如？”监察御史许士廉等对曰：“历朝制度皆取时宜，况创制立法，天子之事，既出圣裁，实为典要，但虑陛下日应万机，劳神太过。臣愚以为宜设三公府，以勛旧大臣为太师、太傅、太保，总率百僚庶务，其大政如封建、发兵、铨选、制礼、作乐之类则奏请裁决，其余常事循制奉行，庶几臣下绝奸权之患，主上无烦剧之劳。”上然之。
庚子，召山西布政使司左参政偰斯为吏部尚书，河南按察使郑九成为礼部尚书，前北平按察副使刘崧为礼部侍郎，以应天府尹徐铎为户部尚书，俱赐以诰。偰斯诰曰：“朕惟国家之用人也，去取虽在于人主，铨选必由于吏部得人，则拔擢才良，甄别流品，清浊臧否，不致混淆而庶职理矣。尔斯事朕有年，奉职惟谨，察其设施，诚为允当，其以尔为吏部尚书，尔其懋哉。”九成诰曰：“礼之为用大矣，施之郊庙、朝廷，所以治神人，和上下。然自三代、汉、唐以迄于今，其仪物度数亦繁矣哉。朕有天下，命议礼之臣斟酌损益，已有定制，惟在得人，遵守而施行之。惟尔九成谙达典故，进退详审，其以尔为礼部尚书，尔惟敬哉。”徐铎诰曰：“国家以户口、土田、赋役、税粮之事与夫仓廪、府库、会计、出入之方，一归户部，古之制也。非才识周遍，练达时务者，安能居此任乎？尔铎在职公勤，处事通敏，今以尔为户部尚书，尔尚明生财之道，务培邦本，使食货充而国用足，以副朕节用爱人之意。”崧之诰曰：“国家以礼导民，将使天下之人皆由之，其品节之分，制度之详，亦既考定而颁行之矣，非得明达朝章者典掌而遵守焉，岂足以仪表中外乎？尔崧学通古今，举止详雅，故命尔为礼部侍郎，尔其敬以持身，恭以将事，俾朝廷之礼粲然有伦，则海内向风而有化民成俗之效矣。往居乃职，尔惟懋哉。”
罢山西大同府兵马指挥司。
命工部遣官督太仓、镇海、苏州三卫官军造海船一百六十六艘，以备海运。
癸卯，大祀天地于南郊。
罢中书省，升六部，改大都督府为五军都督府，布告天下。诏曰：“朕膺天命，君主华夷，当即位之初，会集群臣，讲求官制，远稽汉、唐，略加损益，亦参以宋朝之典，所以内置中书省、都督府、御史台、六部，外列都指挥使司、承宣布政使司、都转运盐使司、提刑按察司及府、州、县，纲维庶务，以安兆民。朕尝发号施令，责任中书，使刑赏务当，不期任非其人，丞相汪广洋、御史大夫陈宁昼夜淫昏，酣歌肆乐，各不率职，坐视废兴，以致胡惟庸私构群小夤缘为奸，或枉法以惠罪，或挠政以诬贤，因是发露，人各伏诛，特诏天下罢中书，广都府，升六部，使知更官之制，行移各有所归，庶不紊烦。于戏！周职六卿，康庶民于宇内；汉命萧、曹，肇四百年之洪业。今命五府、六部详审其事，务称厥职，故兹诏谕。其左军都督府统属在京骁骑左、水军左、留守左、龙虎、英武五卫，在外山东、辽东、浙江、广东四都司并所辖卫所；右军都督府统属在京虎贲右、水军右、留守右、武德、广武五卫，在外陕西、四川、江西三都司并所辖卫所；中军都督府统属在京神策、广洋、留守中、应天、和阳五卫，在外苏州、太仓、镇海、扬州、高邮、大河、淮安、沂州、凤阳左、凤阳右、凤阳中、皇陵、长淮、怀远、留守中、留守左、徐州十七卫，滁州、徽州、六安、庐州、镇江、安丰、信阳、宿州、洪塘九千户所及河南都司所辖卫所；前军都督府统属在京天策、豹韬、龙骧、飞雄、龙江五卫，在外湖广、福建、广西三都司及福建行都司并所辖卫所；后军都督府统属在京鹰扬、江阴、兴武、横海、蒙古左、蒙古右六卫，在外北平、山西二都司及山西行都司并所辖卫所。