核弹爆炸的冲击波波及到了飞机，艾丽斯为了保护安吉拉，身受重伤，其他人成功逃离。
2小时之后安布雷拉公司在郊区找到了飞机残骸，并把艾丽斯带回实验室，成功的恢复了艾丽斯体力、智力、记忆和能力。
这时的艾丽斯已经拥有了超自然的能力了。卡洛斯等人成功混进安布雷拉基地并把艾丽斯带了出去。
安布雷拉公司以为能够控制病毒的扩散。但是他们错了，浣熊市的命运只是一个启示。
几个星期后，病毒扩散到整个北美，几个月后占据了整个世界。
病毒不仅吞噬了人类文明，而且河流、湖泊干涸森林变成了沙漠，地球毁灭只是一个时间问题。
克莱尔组建了一只护卫队，这只护卫队不停的广播无线电希望有人来找他们，以获得保护。
由于艾丽斯之前有过一次上当受骗的经历，就没有去找这只护卫队。
活下来的人类在沙漠上漂泊着，到处寻找食物和汽油，安布雷拉公司的各国总部都躲在地底之下，继续着他们的研究。
科研小组组长埃塞克博士，向各国总部报告，即使在没有食物的情况下，地面丧尸至少还可以存活几十年。
他发现艾丽斯的血液中的抗体不仅可以对抗t病毒，更有可能逆转病毒的效果，最后达到驯化丧尸的效果。
但是由于缺少艾丽斯的母体实验变得很困难，埃塞克博士不得不用克隆基因模型将她复制过程费力，而且结果很难预测。
地面上，卡莱尔的护卫队在公路旁边的沙漠找到了一所房子，并想在此度过一个晚上。
l。j和卡洛斯进去确认安全l。j被2只丧尸袭击，并被咬伤，及时赶到的卡洛斯救了他。
卡洛斯并没发现此时l。j已感染病毒。当天入夜之后，艾丽斯睡觉做梦的时候，身体发出了α和β能量射线。
突然身边的石头和摩托车悬浮了起来，恶梦惊醒，石头和车都从空中坠落了下来，摩托车被摔坏了。
没有了车，艾丽斯只好去找护卫队。
α和β能量射线被二代人工智慧计算机探测到了，并向博士报告了情况。
第二天早上护卫队周围出现了鸟，由于长期吃感染病毒的肉它们也被感染了。
由于鸟的数量过多，它们冲破了巴士的前窗玻璃，人们四处逃窜。
有人跑上车顶用火焰枪烧鸟，可是，侧面袭来的鸟将他扑到，火焰枪也随之转动。
火焰将要烧到站在旁边的卡洛斯的时候，艾丽斯赶到了，利用自己的超能力把火焰喷向了天空，烧尽了袭击护卫队的鸟。
这次人工智慧电脑向埃塞克博士报告又发现α和β能量射线，艾丽斯母体的可能性为45%。通过三角定位的方式，找到了艾丽斯的位置，并且立刻调整了监控卫星的轨道。
艾丽斯留在了护卫队。卡洛斯和艾丽斯散步的时候，卡洛斯问为什么之前在底特律和他们分开。
艾丽斯说自己一直被利用了，一直被跟踪，不能和他们在一起。
艾丽斯潜入了基地下载卫星移动轨道，避免追踪坐标。
在交谈的时候，更改了轨道的卫星拍下了艾丽斯的照片，传给了埃塞克。
电脑分析，有62%的可能性是艾丽斯母体。
埃塞克报告给了总部，总部指挥官威斯克回覆说没有100%确定不可以行动。
埃塞克不甘心，艾丽斯就在外面。于是埃塞克使用计算机採集了总部威斯克的语音特徵，发出了伪造的威斯克所授权行动命令。
护卫队听从了艾丽斯的建议，前去据说是隔离区的阿克迪亚。由于路程遥远，必须途径阿拉斯加进行加油。
埃塞克从卫星上看出他们的目的地，并在阿拉斯加的加油站门口调运来一个货柜，里面装满了丧尸。护卫队遭到了丧尸群的袭击。
感染的l。j也变成丧尸咬伤了卡洛斯。艾丽斯在楼上找到了埃塞克指挥部，可惜还是让他乘直升机跑掉了。
匆忙上飞机的埃塞克被丧尸咬伤。回到基地的埃塞克给自己注射了大量的血清。由于血清的不稳定作用，埃塞克变异了，杀死了基地里所有的人。
艾丽斯通过埃塞克留下的电脑找到了基地地点，想要夺到飞机飞往阿克迪亚。
基地的地面是被铁栏杆围起来的，周围围上了成群的丧尸。已经感染病毒的卡洛斯开着油车沖向丧失群，并引爆了炸弹，为护卫队剩余人员开了一条路。
剩下的人坐上了停在外面的直升飞机，艾丽斯进入了地下基地。在地下基地里见到了人工智慧电脑全息像。
人工智慧电脑向她讲诉了基地发生的事情，并告诉了艾丽斯她的血液中的抗体可以拯救世界但是要把被自己困下面在埃塞克博士杀掉。
来到下面，艾丽斯看到了自己的成熟克隆体。
克隆体从培养槽中出来之后，很快就没有了气息。艾丽斯找到了埃塞斯，此时的埃塞斯无论是速度、力量还是超能都超过了艾丽斯。艾丽斯被打进了通往人工智慧电脑的通道中埃塞克也进了去，随机触发了休眠防御机制。
雷射网从埃塞克后面来了，埃塞克被切成了碎片。当雷射网靠近艾丽斯的时候却突然停止了。
原来艾丽斯的克隆体并没有死掉，关闭了休眠防御机制。